Biologie

Biologie a fylogenetika mikrořas

Biology and phylogeny of microalgae

Školitel: Prof. RNDr. A. Poulíčková, CSc.

Konzultant: Mgr. Petr Dvořák, Ph.D.

Vypsané téma počítá se studiem mikrořas ve smyslu komplexního přístupu, tedy izolace klonů z přírody, kultivace, cytologie, ekologie, studium rozmnožování a využití molekulárních metod a fylogenetiky pro řešení problematiky druhových komplexů, revize druhů a rodů. Zahrnuje jak práci v terénu, tak laboratoři taxonomické i molekulární. Téma je pouze prezenční, nelze ho řešit v rámci kombinovaného studia. Možnost stáže na špičkovém pracovišti v USA, Berlíně, Insbrucku nebo Ghentu. Konkrétní skupina mikrořas bude upřesněna až podle toho, zda uspějeme s žádostí o grant GAČR podaný pro rok 2016. Pokud neuspějeme, bude s financováním studenta počítat IGA 2016. V tom případě by si student mohl skupinu řas vybrat sám.

The aim of the PhD study will be complex approach to study diversity of microalgae including isolation, cultivation, morphology, ecology, reproduction and molecular  methods and phylogenetic for solving problems with cryptic diversity, revision of genera, species.  PhD combine work in field and laboratory and is not suitable for combined program. We offer stay in top phycological laboratiries in USA, Berlin, Insbruck or Ghent.  The microalgal group will be specified later and depend on success with our grant proposal in GAČR for 2016. If the proposal failed, we will support this student from IGA 2016. In this case student can select algal group according his/her preferences.

Diverzita, evoluce a ekologie bryofilních askomycetů

Diversity, evolution and ecology of bryophilous ascomycetes

Školitel: Doc. RNDr. Michaela Sedlářová, Ph.D.

Konzultant: Marcel Vega (Německo, Hamburg) - věnuje se čeledi Pyronemataceae, hlavně bryoparazitickým houbám

Cíle práce:

1. Molekulárně fylogenetické studium některých z problematických druhových komplexů (např. Lamprospora tuberculatella, Octospora gyalectoides, Lamprospora miniata) a zhodnocení stávajících druhových konceptů ve vybraných rodech

2. Studium specifity interakce hostitel-parazit a její evoluce u vybraných druhů bryoparazitických hub

3. Optimalizace metodiky a zhodnocení objektivní vzácnosti některých řídce nacházených druhů bryoparazitů metodou druhově specifické PCR

Genetická variabilita fytopatogenních oomycet

Genetic variability of phytopathogenic oomycetes

Školitel: Prof. Ing. Aleš Lebeda, DrSc.

Konzultant: RNDr. Miloslav Kitner, Ph.D.

Zdroje: projekty - Rijk Zwaan, the Netherlands, NP Mikroorganismy (MZe), IGA

Oomycetes form a diverse group of fungus-like eukaryotic microorganisms, also known as water molds, that include both saprophytes and pathogens of plants, insects, crustaceans, fish, vertebrate animals, and various microorganisms. Plant-pathogenic oomycetes cause devastating diseases in numerous crop, ornamental, and native plants. With recent efforts in genomics and functional genomics and the resulting resources, genetic research on oomycetes has entered an exciting phase. This project is focused on development of molecular markers which might be applied in individual and population genetic studies of downy mildews species devastating important crop species (e.g. Bremia lactucae, Pseudoperonospora cumensis, P. humuli, Plasmopara halstedii) and represent well established research programme in Department of Botany of Faculty of Science, Palacký University in Olomouc.

Směrování inhibitorů proteinkinas do nádorových buněk

Targeting protein kinase inhibitors to cancer cells

Školitel: Doc. Vladimír Kryštof, PhD.

Studium cíleného transportu vybraných inhibitorů kináz do nádorových buněk

The study of targeted transport of selected kinase inhibitors into cancer cells

Školitel: RNDr. Tomáš Gucký, PhD.

Studium cytoprotektivního účinku fytohormonů cytokininů

The study of cytoprotective effect of plant hormones cytokinins

Školitel: Prof. Miroslav Strnad, DSc.

Studium vlastností a účinků xenobiotik - inhibitorů cyklin dependentních kináz odvozených od roskovitinu

Effects and properties of xenobiotics - cyclin-dpendent kinases inhibitors derived from roscovitine

Školitel: Prof. Miroslav Strnad, DSc.

Syntéza a biologická aktivita přírodních látek založená na vývoji nových divergentně orientovaných  postupů

Synthesis and biological activity of Natural Compounds: Development of new divergent-oriented reagents and methods

Školitel: Mgr. Jiří Pospíšil, PhD.

Syntéza a studium biologické aktivity nových purinových nukleosidů a nukleotidů

Synthesis and study of biological activity of novel purine nucleosides and nucleotides

Školitel: RNDr. Marek Zatloukal, Ph.D.

Syntéza a studium biologické aktivity různě substituovaných indazolů 

Synthesis and study of biological activity of variously substituted indazoles

Školitel: RNDr. Marek Zatloukal, Ph.D.

Syntéza vybraných heterocyklických sloučenin cíleným proti neurodegeneračním chorobám

Synthesis of the diverse heterocyclic scaffolds targeting the neurodegenerative diseases

Školitel: Prof. Miroslav Strnad, DSc.

Vývoj UHPLC-MS/MS metod pro profilování glukosinolátů 

Development of new UHPLC-MS/MS methods for glucosinolate profiling

Školitel: Mgr. Ondřej Novák, PhD.

 
Mechanismy subcelulární lokalizace mitogen-aktivovaných proteinkinas u Arabidopsis

Školitel: George Komis, PhD

Biochemická a proteomická analýza signalizace pomocí mitogen-aktivovaných proteinkinas při oxidativním stresu

Školitel: Ing. Tomáš Takáč, Ph.D.

Dynamika mitogen-aktivovaných proteinkinas, membrán a cytoskeletu při polárním růstu rostlinných buněk

Školitel: Doc. Mgr. Miroslav Ovečka, Ph.D.

Funkční analýza nově identifikovaných jaderných proteinů ječmene

Functional analysis of newly identified nuclear proteins of barley

Školitel: Ing. Beáta Petrovská, Ph.D.

Jaderné proteiny jsou důležitou součástí eukaryotických buněčných jader a významně ovlivňují způsob, jakým je genetická informace uložená, exprimována, replikována, opravována, a přenášená na dceřiné buňky a potomstvo. Jaderné proteiny představují nejhojnější složky buněčných jader ve všech eukaryotech. Nicméně zatímco rostlinný genom je dobře pochopen na úrovni DNA, informace o jaderných proteinech zůstávají zatím nedostačující, snad s výjimkou histonů a několik dalších proteinů. Cílem projektu je funkční charakterizace vybraných nově identifikovaných jaderných proteinů u agronomicky významné plodiny ječmene za použití multidisciplinárního přístupu. Mezi hlavní metody potřebné pro realizaci projektu bude klonování genů kódujících vybrané jaderné proteiny, příprava GFP/RFP fúzních proteinů, RNAi a CRISPR/Cas mutantních linií, transformace, design protilátek, biochemické analýzy transgenních linií, lokalizace zájmových proteinů v 3D prostoru jádra. Žadatel/ka by měl/a mít zájem o studovanou problematiku. Znalost anglického jazyka je nutností!

Fyzické mapování Ph2 regionu u pšenice seté

Physical mapping of Ph2 region in hexaploid wheat

Školitel: Jan Bartoš, Ph.D.

U polyploidních druhů musí, z důvodu stability genomu, existovat mechanismus zajišťující přesné párování chromozomů a jejich segregaci. Toto “diploidní” chování chromozomů je většinou podmíněno geneticky. Párování homologních chromozomů u alohexaploidní pšenice seté (Triticum aestivum) kontrolují geny Ph1 a Ph2. U rostlin s mutací v Ph1 genu bylo pozorováno párování mezi homoeologními chromozomy. Chromozomy rostlin s mutací v Ph2 genu se párují správně. Nicméně u takových rostlin dochází k párování chromozomů pšenice s chromozomy příbuzných druhů ve společném hybridu. Tohoto jevu by bylo možné využít pro přenos genů z příbuzných druhů do genomu pšenice. Cílem projektu je zamapovat Ph2 gen (lokalizovaný na chromozomálním rameni 3DS) pomocí delečních linií vytvořených gametocidálním systémem. Náplní práce bude odvozování linií s koncovými delecemi chromosomálního ramene 3DS pomocí gametocidálního systému, charakterizace těchto linií pomocí molekulárních markerů a jejich genetická stabilizace. U vybraných linií bude ověřován jejich fenotyp. K tomu bude sloužit studium párování chromozomů v hybridech pšenice-žito odvozených z těchto linií.

In vitro buněčné modely pro environmentální, farmakologické a toxikologické aplikace

Školitel: prof. RNDr. Zdeněk Dvořák, DrSc., Ph.D.

Molekulární účinky obsahových složek potravinových doplňků na regulační dráhy metabolism xenobiotik

Školitel: prof. RNDr. Zdeněk Dvořák, DrSc., Ph.D.

Molekulární charakterizace míst meiotických rekombinací u pšenice

Characterization of meiotic recombination sites in bread wheat

Školitel: Prof. Ing. Jaroslav Doležel, DrSc.

Meiotická rekombinace je hlavní silou evoluce a adaptace vyšších rostlin. Místa rekombinací nejsou náhodná a je možné najít místa s vyšší frekvencí rekombinace než je průměr, tzv. „rekombinační hotspoty“. I když je toto téma podrobně studováno po mnoho desetiletí, sekvence DNA v místech, kde k rekombinaci dochází, nebyly známé. Nedávné pokroky v molekulární biologii, zejména v technikách „Next Generation“ sekvenování (NGS) a třídění chromosomů rostlin pomocí průtokové cytometrie, umožňují získat sekvence míst rekombinace i v tak velkém a složitém genomu, jaký má pšenice setá. Cílem práce je identifikace a charakterizace několika míst rekombinace na chromosomu 4A pšenice s pomocí již existující vysoko-hustotní genetické a fyzické mapy. Základními metodami pro dosažení cíle práce bude vývoj molekulárních markerů, genotypování, „chromosome walking“, sekvenování BAC klonů a analýza získaných sekvencí DNA. Uchazeč by měl mít zájem o řešení dané problematiky a dobrou znalost anglického jazyka, protože bude spolupracovat s výzkumnými týmy v zahraničí.

Role mitogen-aktivovaných proteinkinas v stanovení roviny buněčného dělení

Školitel: George Komis, PhD

Studium replikace DNA v průběhu buněčného cyklu rostlin

Spatial and temporal characterization of DNA replication in plants

Školitel: Mgr. Eva Hřibová, Ph.D.

Proces replikace DNA je nezbytný pro růst a vývoj všech eukaryot. Genetická informace je replikována v S fázi, kdy je zajištěno aby se DNA v průběhu každého buněčného cyklu replikovala pouze jednou. Ačkoliv jsou základní mechanismy replikace DNA stejné u všech vyšších eukaryot, nedávné studie poukázaly na rozdíly v replikačním mechanismu mezi rostlinnými a živočišnými organismy. Cílem práce je tedy získat nové poznatky o replikaci jaderné DNA blízce příbuzných rostlin (ječmene (Hordeum vulgare), jehož genom obsahuje více než 80% repetitivních sekvencí DNA a Brachypodium distachion), které se liší ve velikostí genomů. Proces replikace bude studován pomocí kombinace metodik zahrnující průtokovou cytometrii, sekvenování nové generace, transkriptomiku, bioinformatiku a trojdimenzionální fluorescenční in situ hybridizaci. Uchazeč by měl mít zájem o řešení dané problematiky a dobrou znalost anglického jazyka, protože bude spolupracovat s výzkumnými týmy v zahraničí.

Vizualizace endozomů při vývojových procesech rostlinných buněk, pletiv a orgánů

Školitel: Doc. Mgr. Miroslav Ovečka, Ph.D.

Využití next generation sequencing ve studiu viromu zemědělských plodin

Školitel: prof. RNDr. Milan Navrátil, CSc.

Význam MAPK signalizace ve stresových reakcích rostlin Medicago sativa L.

Školitel: Doc. Mgr. Miroslav Ovečka, Ph.D.